有机肥成分复杂，在施用时做到合理尤为重要。施用不当会造成养分流失，甚至出现农作物根系吸水困难，发生烧根、僵苗等现象。
有机肥应充分腐熟后施用。若一些动物粪便如猪牛栏肥以及人粪尿未经发酵腐熟直接施入土壤，这些未经腐熟的有机肥在土壤中经微生物分解发酵，产生的氨气容易引发作物烧根、中毒，有的还会滋生杂草和传播病虫害。因此，应提倡将其充分发酵后施用。可以在田边地头建贮粪池发酵，或者将堆肥堆积加水湿润，用泥封住，使其温度达到35-40℃，经过25-30天即可发酵完毕，将粪肥在60℃条件下充分发酵，可杀灭其内的虫卵和杂草种子，使用时更安全有效。
不宜过于集中或施用量过大。尤其在旱地作物施肥时，如果直接将有机肥施于行间或作物根部附近，因旱土持水量小，根系周围一时浓度过大，根系接触到肥堆后，会造成作物生理失水，形成反渗透现象，作物不但吸收不到养分，反而会使根系内的水分和养分外渗，使作物生长不良或出现萎蔫而失水死苗，造成土壤养分不平衡。因此应将有机肥用作底肥，均匀地拌于土壤中，做到与土壤融为一体。在生长期施有机肥，应开沟条施或穴施，施后覆土，切不可撒于地面。叶菜类蔬菜一般不宜用高浓度液体有机肥作叶面肥喷施。